Исследователи рака, проведшие прошлые 7 лет, собирая каталог мутаций при опухолях пациентов, теперь говорят о том, что они должны сделать затем. На этой неделе исследователи в Национальном онкологическом институте (NCI) представили проект в своем списке пожеланий: намного более широкий обзор 10 000 опухолей за тип рака, который стремился бы придавливать очень редкие гены рака.
В следующем году NCI завершит Атлас генома рака (TCGA), огромный проект вел в 2006, который систематически ищет опухоли генетические изменения, вовлеченные в рак. Больше чем у 150 исследователей рака есть divvied работа упорядочивания приблизительно 500 образцов опухоли для каждого приблизительно из 20 типов рака (10 000 образцов всего) по стоимости больше чем $375 миллионов. TCGA проверил известные гены рака и нашел новые генетические изменения, ведя некоторые случаи рака; несмотря на то, что проект был подвергнут критике как слишком дорогостоящий, много исследователей думают, что это стоило.
Таким образом, что затем? В понедельник на встрече Совета NCI Научных Советников (BSA), генетики рака NCI Луи Штаудт и Стивен Чанок изобразили схематически одну идею, появившуюся из недавнего семинара TCGA (запуски в 116:00 на видео). Штаудт объяснил, что, потому что опухоли часто пронизываются мутациями, не вовлеченными в рак, трудно выбрать тех, которые имеют значение.
Даже некоторые известные гены рака для аденокарциномы легкого, одного из наиболее интенсивно изученных раковых образований, не высунулись в обзорах генома рака. Для нахождения редких генов рака исследователи должны упорядочить еще много образцов, сказал он.
Штаудт тогда описал то, что он назвал «10K Понятием». Идея состоит в том, чтобы упорядочить 10 000 образцов опухоли для каждого из нескольких общих случаев рака, таких как грудь и простата. Этого должно быть достаточно для нахождения мутаций, происходящих только в 1% образцов, сказанный Штаудт.
Проект также попытался бы связать генетические результаты отдельного пациента с исходом болезни и факторами образа жизни, такими как курение, которое не сделал TCGA.Открытие этих 10 000 опухолей для каждого рака может быть легче, чем это звучит, сказанный Штаудт. Одна причина состоит в том, что исследователи недавно поняли, что биопсии опухоли, сохраненные в керосине, наиболее распространенном методе, могут использоваться для исследований экспрессии гена и упорядочивания. Это – «переломный момент», по словам Штаудта.
До сих пор исследователи TCGA думали, что должны были использовать замороженные образцы, которые намного более недостаточны.Проект также экономил бы деньги путем собирания образцов опухоли из законченных клинических испытаний и наблюдательных исследований, а также путем осуществления контрейлерных перевозок на запланированных исследованиях.
Например, новое испытание рака легких NCI под названием ALChEMIST проверит опухоли 7 000 пациентов для нахождения 16% с двумя определенными видоизмененными генами; только те пациенты будут продолжать часть лечения исследования. Но биопсии от всех 7 000 пациентов могли быть частью 10 000 проектов геномов рака легких, сказанный Штаудт.Штаудт признал, что с NCI столкновение с 5%-м сокращением бюджета, это не прекрасное время для предложения большой новой научно-исследовательской работы. И несколько участников BSA говорили скептически об «убывающей доходности» от большего количества геномов рака.
Брюс Стиллмен, президент Холодной Весенней Лаборатории Гавани в Нью-Йорке, сказал, что несмотря на то, что он был «убежденным сторонником» TCGA, увеличиваясь к 10 000 опухолей за рак, «не очень разумно в данный момент». Стиллмен указал, что открытие генов риска рака молочной железы, BRCA1 и BRCA2 вдохновили толчок найти больше семейных генов рака молочной железы, не уступивших очень.
Вместо этого NCI должен сосредоточиться на узнавании больше от данных, уже собранных TCGA, таким как исследование биологических путей, предложенный Стиллмен.Штаудт сказал ScienceInsider, что NCI не имеет ценника еще для 10 000 предложений по геномам рака. Это – только один из нескольких рассматриваемых для следования за TCGA; его судьба будет зависеть от других приоритетов NCI, сказал он.
Он предостерег, что это находится только на стадии обсуждения. «Это еще не ‘проект’. Это – понятие, которое может или может не превратиться в проект», сказал он.