В июне прошлого года 43-летнюю женщину допустили в Клинический Центр Национальных Институтов Здоровья в Молитвенном доме, Мэриленд, для заболевания легких. Врачи знали, что она несла очень стойкую форму смертельной бактерии, известной как Klebsiella pneumoniae — несмотря на то, что это не вызывало у нее отвращение — и они разместили ее в изоляцию. Когда женщина была освобождена от обязательств, никто больше, казалось, не стал зараженным.
Несколько недель спустя, однако, другой пациент, как находили, нес бактерию, и за следующие 3 месяца, 12 пациентов более интенсивной терапии заключили ее. Шесть умер как прямой результат инфекции.Врачи не могли понять вспышку с обычными методами: обзор мест кровати показал, что у первого пациента не было прямого контакта ни с одними из других и в теории, Klebsiella, возможно, был введен в больницу многократно. Так врачи, превращенные к геному бактерии для ответов.
Подход, известный как геномная эпидемиология, помог им отследить путь микроорганизма, содержать болезнь и спасти жизни, согласно новому исследованию.Геномная эпидемиология использует факт, что, когда бактерии делятся, они накапливают мутации.
В результате бактериальный геном отличается немного — часто всего одним или двумя письмами от генетического кода или парами азотистых оснований — от одного пациента к следующему. Полностью последовательным геномы бактерий пациентов и находящий эти мелкие различия, исследователи могут отследить микробовые движения с беспрецедентной точностью. Метод уже использовался, чтобы восстановить распространение стойкого к метицилину стафилококка aureus (MRSA) во всем мире и точно определить происхождение вспышки холеры на Гаити.Это также помогло врачам в больнице в Молитвенном доме.
Сравнение геномов от всех пациентов показало, что пациентка, которую допускают в июне, действительно инициировала вспышку; исследователи показали, что бактерии были переданы от нее до других пациентов три раза независимо. Очевидно, передача произошла способами, которыми не поняли исследователи, говорит Тара Пэлмор, врач инфекционной болезни в больнице. «Когда мы поняли, там больше, чем казался на первый взгляд, мы начали проверять всех в больнице», говорит она. Это помогло идентифицировать четырех более зараженных пациентов за пределами отделения интенсивной терапии, ученые сообщают онлайн сегодня в Науке о Переводной Медицине. Они были быстро изолированы, которому Пэлмор верит предотвращенный далее распространение.
То, как микроорганизмы были переданы, все еще неясно. Пэлмор предполагает, что бактерии в основном путешествовали на руках врачей. Но клиника разместила человека возле комнат изоляции для проверки всех, кто вошел, следовал за режимом гигиены 24/7.
Это предполагает, что бактерии, возможно, установили колонии на поверхностях или медицинском оборудовании и распространили тот путь также. «Общепринятое мнение – то, что Klebsiellas действительно не остаются в живых в окружающей среде, но мы нашли их в шести утечках слива и вентиляторе», говорит Пэлмор.«Это маленькое исследование демонстрирует потенциальную энергию целого генома, последовательного для расследования вспышки и наблюдения», говорит Шарон Пикок, микробиолог в Кембриджском университете в Соединенном Королевстве, не вовлеченный в работу.
И специалист по инфекционной болезни Даг Хармзен из университета Клиника Мюнстера в Германии говорит, что это – «дополнительное доказательство что настало время для использования геномного последовательный из патогенов в урегулировании больницы». Бумага также выдвигает на первый план опасности стойких Грамотрицательных бактерий как Klebsiella p., добавляет он. Во многих пациентах бактерии не были восприимчивы ни к какому доступному антибиотику; к даже colistin, старый состав использовал только, когда все остальное терпит неудачу." Это еще более существенно, чем MRSA, потому что Вы не имеете ничего больше для лечения пациентов с», говорит Хармсен.
Начиная со вспышки каждый пациент в больнице проверяется на такие опасные патогены; еще один стойкий случай Klebsiella — несмотря на то, что различное напряжение — было найдено до сих пор.Геномная эпидемиология могла упростить для больниц иметь дело с подобными вспышками, говорит Пэлмор. «Много академических центров имеет способность сделать это теперь», говорит она.
Стоимость становится меньшим количеством проблемы; во время прошлогодней вспышки ученые все еще заплатили упорядоченных приблизительно 2 000$ за геном; теперь, когда было бы ближе к 500$. Но Павлин предостерегает, что все еще специалистам по биоинформатике требуются несколько недель для интерпретации данных. «Эта технология не будет применима к обычной клинической практике, пока автоматизированные инструменты интерпретации не станут доступными».