Институт исследований мозга Аллена объявил сегодня о своем последнем выпуске общедоступных данных, в котором расширены онлайн-ресурсы, доступные через портал данных Allen Brain Atlas, и расширен интерфейс прикладного программирования (API).
В этом выпуске Институт Аллена расширил доступ к своим данным и услугам через API-интерфейс Allen Brain Atlas и добавил новые данные и усовершенствования функций в четыре ресурса атласа: Атлас мозга человека Аллена, Атлас взаимодействия мозга мыши Аллена, мышь разработки Аллена. Атлас мозга и Атлас мозга Аллена Мауса. Кроме того, в библиотеку учебных пособий института добавлены два новых видеоурока.
Атлас человеческого мозга Аллена, мультимодальная трехмерная карта человеческого мозга, которая объединяет анатомические данные и данные экспрессии генов во всем мозгу взрослого человека, был расширен за счет включения данных об экспрессии генов из мозга аутичных людей, что позволяет ученым сравнивать болезни и контрольные состояния. Кроме того, Атлас содержит новые функции для облегчения поиска, навигации и загрузки данных.
Атлас связности мозга мыши Аллена – это трехмерная карта нейронных связей в мозгу мыши с высоким разрешением. Сегодняшний выпуск данных расширяет набор доступных изображений аксональных проекций с высоким разрешением и добавляет возможности многоплоскостного просмотра, предлагая первый шаг к трехмерной визуализации нейронных связей во всем мозгу мыши. Эта фундаментальная карта поможет ученым понять, как устроен мозг, и предложит новое понимание того, как работает мозг, и что идет не так при заболеваниях и расстройствах мозга.
Кроме того, в Атлас мозга мыши Аллена и Атлас мозга развивающейся мыши Аллена были добавлены новые возможности поиска, основанные на дополнительных аннотациях данных, что позволяет пользователям исследовать данные об экспрессии генов по-новому.
Интерфейс прикладного программирования (API)
Чтобы расширить сообщество пользователей и обеспечить дальнейшие инновации, Институт Аллена расширил доступ к своим данным и услугам через API-интерфейс Allen Brain Atlas, теперь предлагая доступ к данным из всего набора ресурсов Allen Brain Atlas. API-интерфейс Allen Brain Atlas предоставляет сообществу программистов внутренний доступ к обширным наборам данных Института Аллена, примерам приложений и программным решениям для поиска и загрузки данных, а также к возможностям для обнаружения и создания новых приложений или представлений данных. Этот выпуск совпадает с хакатоном Allen Brain Atlas Hackathon, элитным мероприятием по программированию, которое состоится в конце этого месяца.
Доступные данные в Allen Brain Atlas API включают изображения с высоким разрешением, трехмерные сводки экспрессий, результаты первичного микрочипа и РНК-секвенирования, а также файлы МРТ и DTI из набора ресурсов атласа Института. Услуги, предлагаемые Allen Brain Atlas API, включают доступ к модели RESTful для получения всей экспериментальной информации; сервис загрузки изображений для всех данных об экспрессии генов, связности, гистологии и атласе; а также API-доступ к различным интегрированным поисковым сервисам.