Быстрые и эффективные действия необходимы для решительного противодействия любому кризису. И, если это глобальная эпидемия, такая как пандемия COVID-19, эти действия необходимо эффективно координировать, чтобы усилить их влияние при одновременном уменьшении исходной угрозы. Это именно то, к чему стремился PRACE COVID-19 Fast Track Call, выделив тысячи лет компьютерного моделирования (бесплатно), чтобы помочь в борьбе с COVID-19. Теперь научное сообщество извлекает уроки, извлеченные из этой инициативы.
Исследование, проведенное в рамках программы Fast Track Call для COVID-19, принесло научному сообществу несколько интересных уроков. Проф. Нурия Лопес, руководитель группы ICIQ и член Научного руководящего комитета PRACE (SSC), является первым автором статьи "Уроки, извлеченные из срочных вычислений в Европе: борьба с пандемией COVID-19" только что опубликовано в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).
Когда пандемия COVID-19 поразила Европу в начале 2020 года, PRACE воплотила в жизнь давно запланированную идею ускоренной программы действий в кризисных ситуациях: звонок ускоренного режима COVID-19. Идея, лежащая в основе Call, заключается в том, что моделирование часто является первым важным шагом в цепочке создания ценности, которая, например, приводит на самой последней стадии к одобрению нового лекарства. Таким образом, выделение бесплатных ресурсов высокопроизводительных вычислений (HPC), а также обеспечение доступности результатов для всего сообщества в соответствии с принципами открытой науки, ускорит создание надежных научных знаний. Это, в свою очередь, будет катализировать и сфокусировать исследования в определенной области, создавая горячие точки научной деятельности.
"Мы увидели необходимость и возможность срочных вычислений, и теперь у нас есть инструменты, готовые к решению подобных задач. Этот опыт многому нас научил, и, когда возникнет новый кризис, мы сможем сделать это снова. Открытая наука особенно важна в трудные времена," объясняет проф. Лопес.
За четыре месяца в рамках ускоренного конкурса на COVID-19 было получено 80 предложений, что свидетельствует о стремлении научного сообщества помочь в трудные времена. Поступающие проектные предложения были разделены на пять широких групп: биомолекулярные исследования, скрининг соединений, гидродинамика, капельная передача вируса и эпидемиология. Кроме того, в двенадцати проектах также использовались методы искусственного интеллекта (ИИ) для моделирования распространения инфекций или проведения биоструктурных исследований. В конце концов, исследователи по всей Европе смогли использовать более полумиллиарда часов компьютерного моделирования для борьбы с пандемией COVID-19 с помощью Зова – время, которое составляет более 57 000 лет.
После более года работы по обеспечению срочного доступа к компьютеру комитет PRACE, отвечающий за оценку предложений и распределение ресурсов высокопроизводительных вычислений, обобщил ключевые уроки, извлеченные из запроса, которые будут полезны в качестве планов для следующей ускоренной программы для кризисные ситуации. Ключевые уроки: обеспечение доступности и открытости производимых данных и связанных метаданных; поощрение междисциплинарных предложений, которые будут касаться комплексных, сильно взаимосвязанных и каскадных последствий пандемии или других чрезвычайных ситуаций; изменение технических требований для поддержки предложений в научных областях, которые технически менее подготовлены для работы на HPC, но потенциально полезны для борьбы с пандемией или другими кризисами; и внедрение строгой научной коллегиальной оценки, чтобы избежать предложений, которые не смогут принести ощутимые результаты в краткосрочной перспективе.
"Сообщество много работало над ускоренным вызовом COVID-19 – все участники очень щедро уделили свое время. Это был очень положительный опыт. Тем не менее, нам нужно больше людей, изучающих и работающих в технических областях, так как это позволит нам иметь лучшие алгоритмы и эффективно использовать их при возникновении следующего кризиса," заключает проф. Лопес.